По умолчанию выставлена опция инкремент номера, это значит, что по нажатию ОК рядом с папкой version-01 появится папка version-02, и имена файлов схемы и печатных плат будут также увеличены на единицу. Но вы можете вместо увеличения номера добавить суффикс к имени файла и создать ветку например version-01-mod (если хотите создать например временную ветку).
В чем преимущества создания ветки через меню программы таким способом? Почему нельзя просто скопировать папку version-01 и переименовать вручную? Это сделать конечно же можно, но это займет намного больше времени. К тому же файлы печатных плат могут содержать текст с именем файла в слое шелкографии для контроля версий, и при создании ветки через меню эти тексты автоматически корректируются в соответствии с новым именем файла. Также файл схемы может включать в себя текстовые блоки в которых фигурируют имена файлов печатных плат. Помимо этого при использовании опции создания ветки будут автоматически скорректированы файлы 3д-модели печатной платы для OpenSCAD, что значительно сократит время разработчику на подготовку файлов новой ветки проекта - индексы вообще не придётся корректировать вручную, всё будет сделано автоматически.